LEMBAGA NAAT
LHKSN - Lembaga Hukum, Keorganisasian, Pengkajian, dan Pengembangan Sumber Daya Manusia NAAT.
Bertugas melaksanakan kebijakan di bidang hukum, peraturan, keorganisasian, pengkajian, dan pengembangan sumber daya manusia
LADUNI - Lembaga Dakwah NAAT
Bertugas melaksanakan kebijakan NAAT di bidang dakwah dan pengembangan agama Islam yang menganut paham Ahlussunnah Wal Jama’ah
LAPAN - Lembaga Pendidikan NAAT
Bertugas melaksanakan kebijakan NAAT di bidang ilmu pengetahuan, pendidikan, dan pengajaran
LP3SN - Lembaga Penelitian, Pencatatan, dan Pelestarian Silsilah NAAT
Bertugas melaksanakan kebijakan NAAT di bidang penelitian, penelusuran, pendataan, pencatatan, pelestarian, perawatan, pemeliharaan, penyimpanan, silsilah, sejarah Wali Songo, beserta kerabat dan seluruh keturunannya
LPKKN - Lembaga Perekonomian, Kesejahteraan, dan Kemasalahatan NAAT
Bertugas melaksanakan kebijakan NAAT di bidang pengembangan ekonomi, kesejahteraan, dan kemaslahatan
LSKN - Lembaga Seni dan Kebudayaan NAAT
Bertugas melaksanakan kebijakan NAAT di bidang pengembangan seni dan budaya, nilai-nilai kearifan, tradisi dan peninggalan Wali Songo
LPN - Lembaga Penerbitan NAAT
Bertugas mengembangkan penulisan penerjemahan manuskrip dan penertiban kitab/buku serta media informasi